kernelやsystemがzipで焼けるならbasebandも同じ方法で焼けるのでは、と思ってやってみたところ成功しました。
ただ、Flashtoolで純正の.sinのデータを抽出しようとするとフリーズするので、
すでにbasebandを焼いてある端末から取り出さないといけない、という残念な結果になっています。
使い道といえば例のツールでプラスエリア対応にしたbasebandをバックアップするぐらいです。


まず、端末からbasebandのファイルを取り出します。

dd if=/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/modemst1 of=/mnt/sdcard/modemst1.img
dd if=/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/modemst2 of=/mnt/sdcard/modemst2.img
dd if=/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/fsg of=/mnt/sdcard/fsg.img

次に、このzipをダウンロードします。
※最初から入っているファイルはZ1 C6903 .681をプラスエリア対応したbasebandです。

先ほど端末から取り出した、modemst1.img、modemst2.img、fsg.imgの三つを
zipファイルに元から入っているファイルを上書きする形で追加します。

このzipのupdater-scriptでは

package_extract_file("modemst1.img", "/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/modemst1");
package_extract_file("modemst2.img", "/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/modemst2");
package_extract_file("fsg.img", "/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/fsg");

というようにそれぞれを対応した領域に書き込むようになっています。

ファイルを追加したら、リカバリでインストールできるzipの完成です。

ちなみに、zipで焼ける領域はadb shellで
ls -l /dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name
と入力した結果とFTFの中身のファイル名を見比べるとだいたい分かります。