SONYロゴが出てからbootanimationの途中までは輝度の設定を無視して
最高輝度になりますが、これでは暗い場所でまぶしすぎます。
また、CWMなどリカバリを使う時もこのままなので無駄にバッテリーを消費してしまいます。

この輝度を変更するには/etc/pre_hw_config.shの
# Used to set special parameters during early boot.と#Touch fw updateの間など
他のコマンドの途中でない場所に

dev=/sys/class/leds/
echo 10 > $dev/lm3533-lcd-bl/brightness

と入力します。(10の部分は輝度の数字なので好みの数字にしてください)

SONYロゴが出て数秒間は最高輝度になりますが、
その後はpre_hw_config.shでセットした輝度に変更されます。