FlashtoolでXperiaのbootloader unlockをする方法を書いているサイトがあまり無かったのでメモついでに書いておきます。
[追記]
一度もunlockしていない場合、初回のunlockでは初期化されます。
すでにunlockしている状態でlockして再度unlockすると初期化されませんでした。

まずFlashtoolを起動し、BLUアイコンをクリックします。
FTFを焼くときと同じく音量下を押しながらUSB接続すると下のような画面になります。



Unlock Codeが自動入力されていない場合は「Get Unlock Code」でコードを取得するページを開けます。
私の場合は公式の手法でアンロックしたあとリロックしたためか、自動入力されました。

ここで「Unlock」ボタンをクリックすればすぐbootloader unlockされます。
※TAバックアップをしたい場合はこの操作より前にしてください。

bootloaderをrelock(Lockedに戻す)したい場合も同じようにBLUアイコンをクリックし、「Relock」ボタンをクリックすれば完了です。
カスタムカーネルだと起動しないのでFTFでカーネルだけ焼いてください。