このブログでも紹介しているようにAndroidのリソースや動作を変えるには各apkの書き換えが必要です。
これは更新があるたびに書き換えをし直さないといけませんが、
Xposedフレームワークとモジュールを使うとapkを直接書き換えずにカスタマイズできます。
インストールにはroot権限が必要です。

まずXposedインストーラをこのページからダウンロードしてください。
インストールして起動し、フレームワークをタップします。
(以下説明/画像はv2.2です)
 

インストール/更新をタップして、インストールが終わったら再起動をタップするか手動で再起動してください。



※x86の場合現在デフォルトでは対応していませんが、
このページにあるapp_processを手動で入れると動作するようになります。
→v2.3でx86に正式に対応するようになりました。
※Android 2.3では改変版インストーラで使えるようになります。

次にモジュールをインストールします。
モジュールは
http://www.villainrom.co.uk/forum/forums/xposed_framework_mods/
※現在サイトが復旧作業中でダウンロードできません。しばらくしたら復旧すると思います。
→復旧しませんでした。サイトにあったモジュールはXposed Module Repositoryからダウンロードできます。
その他のモジュールはxda、その他のサイトで手に入ります。

モジュールをインストールすると通知が出るのでそれをタップして、
モジュールの左にあるチェックボックスにチェックを入れて再起動すると
有効になり、各モジュールの機能が使えるようになります。

Xposedフレームワークやモジュールの更新があれば「ダウンロード」から更新できます。


Xposedモジュールまとめはこちら

SemcPhonePatcher
データ通信をオンにしたときの追加料金の注意と、
無効にしたときの通知･アイコンを非表示にします。

Tweakbox
ステータスバーの時計の色、音量キー長押しで選曲など(ステータスバーの色など一部動作しません)
音量キーの選曲は画面がオフの時のみ動作します。(Google Play Musicでは動作しないそうです)

App Settings (ミラー)
アプリ毎にDPI、フォントサイズ、フルスクリーン、言語や許可する権限などを変更出来ます。
(一部アプリでは変更するとエラーが出ます)

MoDaCo Toolkit
アプリ一覧のシステムアプリ全てで「無効にする」ボタンを有効にしたり、
ナビバーを隠していてもアクションバーのメニューボタンを表示させたりとできます。
無効にする目的だけならTitanium backupの有料版が不要になりますね。

AlternateAppPicker (ミラー)
アプリ選択ウインドウでアプリをタップするだけで選べるようになります。
標準だとタップ→一回のみと手間がかかるのでアプリを使い分けたいときに便利です。

Icon Themer
テーマパックのアイコンを端末全体に適用できる(アプリ履歴にも反映されます)

Play Store link in App Info
アプリの詳細画面でPlayストアへのリンクボタンを追加します。
(一応日本語にしたapkはここからダウンロードできます。)

matsumod
アクションバーの下部表示、ナビゲーションバーの表示切り替えなど

Notificationicon Patcher
ステータスバーのアイコンを見やすく、大きく表示します。

ツイデレ 日本語訳修正モジュール
Twitterクライアント、ツイデレの日本語訳を修正します。
作者さんが頑固で間違ってる翻訳を直してくれないんですよね…。
やっと直せました。これでもう次のリリースからはこのモジュールは必要ありません。