Z1ではステータスバーの透過はSystemUI Patcherで他のXposedモジュールで書き換えられるように出来ますが、
ナビバーは黒のままで透過の設定をしても反映されませんでした。
[追記]
GEM Xperia Xposedが更新され、ナビバーの透過ができるようになりました。
角丸のまま透過にできます。

Z1ではxmlでナビバーの背景の色を変えるだけでは透過されなくなりました。
透過を有効化するには
SystemUI.apksmalicomandroidsystemuistatusbarphoneNavigationBarView.smali
を編集しないといけません。(そのうち誰かがXposedモジュールを作ってくれると思いますw)

NavigationBarView.smaliを開き、

setAlpha

で検索します。
すると



上の画像のように

invoke-virtual {v1, v3}, Landroid/view/View;->setAlpha(F)V

    .line 403
    if-eqz p1, :cond_5

    const/high16 v3, 0x3f800000

    :goto_4
    invoke-virtual {v0, v3}, Landroid/view/View;->setAlpha(F)V

    .line 404
    if-eqz p1, :cond_6

    const/4 v3, 0x0

    :goto_5
    invoke-virtual {v0, v3}, Landroid/view/View;->setVisibility(I)V

    .line 406
    const/4 v3, 0x0

    invoke-virtual {v2, v3}, Landroid/view/View;->setAlpha(F)V

    .line 407
    const/16 v3, 0x8

    invoke-virtual {v2, v3}, Landroid/view/View;->setVisibility(I)V

このようなコードが見つかります。
const/high16 v3, 0x3f800000とconst/16 v3, 0x8をそれぞれ

const/high16 v3, 0x0

const/16 v3, 0x0

と書き換えます。(const/high16 v3, 0x3f800000の方だけでいいかもしれません)


後は上書き保存してコンパイルした後zipを作るなどしてインストールすれば完了です。

これでTinted Status Barなどで透過度を指定すれば反映されます。

monxDIFIED ★ Honam1Z™ 030000c用のzipはここからダウンロードできます。