Xperia Zの音質を向上させるというMOD、PureXAudio v5.0が公開されています。
このページからダウンロードできます。

zipを内蔵ストレージに配置してTWRPなどからインストールすると有効になります。
Powerampを使用している場合は音量直接制御をオフにする必要があります。

インストールしてみましたがはっきりとわかるぐらい音質が良くなるというわけではないようです。
同じ設定でPureXAudioを導入していないacroと比べたところ多少クリアな音声になっていました。
追記:変化の具合はイヤホンによるようです。別のイヤホンだとかなり良くなっていました。