Xposed frameworkをインストールすると一部の古いアプリ(SUFBS等)で
ボタンなどの大きさが変わってしまう問題が発生するようです。
(以前にコメントで報告されていました)→追記:SUFBSの問題は別の原因があるようでこれでは解決しないそうです。

これは互換性を保つための機能がXposed frameworkにより二度読み込まれてしまうせいで
起きていたそうで、修正用ファイルが公開されています。
このページからXposedBridge.jar.newversion-resize_temp_fix.zipをダウンロードして
解凍しXposedBridge.jar.newversionに名前を変えた後、端末に/data/xposed/XposedBridge.jar.newversion
というように配置してください。

再起動した後問題が解決されていれば成功です。
おそらく次のバージョンでは公式に修正されていると思います。